掃描電子鏡電子槍的高壓不及透射電子顯微鏡中那樣高，一般設定在1-50kv。電子槍的陰極可所以熱鎢絲型的，但近年來已更多選用陰極，有些電鏡上選用場發射槍，乃至肖特基熱場發射槍。以熱鎢絲陰極為例，在前述加快電壓下電子發射所構成的光源小的直徑。為了包管較好的分辨率，有必要將它們經聚光鏡多級減少，在樣品外表處構成直徑為1-10nm的電子探針。有些作業如電子探針微區成分剖析，需求束流要高，掃描電鏡中的聚光體系常由三級電子透鏡組成，但它與進射電鏡中坐落物樣下方的物鏡是不一樣的。

　　掃描電鏡中所提到的二次電子是指背入射電子轟擊出來的核外電子。由于原子核和外層價電子間的結合能很小，當原子的核外電子從入射電子獲得了大于相應的結合能的能量后，可脫離原子成為自由電子。如果這種散射過程發生在比較接近樣品表層處，那些能量大于材料逸出功的自由電子可從樣品表面逸出，變成真空中的自由電子，即二次電子。

　　二次電子來自表面5-10nm的區域，能量為0-50eV。它對試樣表面狀態非常敏感，能有效地顯示試樣表面的微觀形貌。由于它發自試樣表層，入射電子還沒有被多次反射，因此產生二次電子的面積與入射電子的照射面積沒有多大區別，所以二次電子的分辨率較高，一般可達到5-10nm。掃描電鏡的分辨率一般就是二次電子分辨率。

　　二次電子產額隨原子序數的變化不大，它主要取決與表面形貌。